江浙战事虽终，但因它所引发的更大规模的一场战争正在激烈进行中。江、浙开战未久，奉系张作霖即于9月15日向直系宣战。曹锟急忙电召吴佩孚由洛阳进京，任吴为讨逆军总司令，王承斌为副司令，彭寿莘、王怀庆、冯玉祥分别为第一、二、三军总司令，分兵三路迎击奉军。第二次直奉战争正式打响。
在这次战争中，北京中央政府第一次在军阀战争中直接公开站在其中一方（直系）的立场。这在民国以来的政治史上尚属先例。当时吴佩孚的总司令部设在后海醇亲王府，正是国务院所在地。曹锟宣令：今后中央政府文武官员一律听命于吴大帅。吴佩孚要求内阁在其司令部召开办公会议，并在会上对政府总理和部长随意指示。曾亲身与会的部长顾维钧在晚年回忆他当时的感受时，声称得到“一番新的阅历”。直系以中央政府名义讨奉，企图以此增强自己一系在战争中的“正当性”，实际却使本应虚悬和超然于各派系之上的中央政府的象征性权威大量流失。
